黑颈鹤分布于中国、印度、越南。旅鸟：尼泊尔。 

黑颈鹤为中国特产种，分布于中国的青藏高原和云贵高原，北起新疆的阿尔金山并延伸到甘肃的祁连山，南至西藏的喜马拉雅山北坡和云南的横断山，西起喀喇昆仑山，东至青藏高原东北缘的甘肃、青海和四川交界的松潘草地及云南与贵州交界的乌蒙山，包括青海、四川、甘肃、新疆、西藏、云南和贵州共7个省区。 

黑颈鹤繁殖地在青海（玉树、治多、曲麻莱、称多、扎多、玛多、久治、泽库、贵德、共和、刚察、天峻、祁连、乌兰、都兰、格尔木）、西藏（当雄、那曲、嘉黎、安多、斑戈、申扎、日土、昂仁、萨迦、仲巴）、四川（若尔盖）、甘肃（碌曲、玛曲、肃北县盐池湾国家级湿地保护中心）、新疆（若羌）。

黑颈鹤越冬地在西藏（拉萨、林周、达孜、曲水、黑竹工卡、堆龙德庆、乃东、曲松、桑日、扎囊、日喀则、萨迦、江孜、拉孜、谢通门、白朗、南木林、林芝、工布江达），云南（中甸、丽江、宁蒗、昭通、永善、巧家、寻甸、会泽、曲靖），贵州（草海）。

主要栖息于海拔2500-5000米的高原、草甸、沼泽和芦苇沼泽，以及湖滨草甸沼泽和河谷沼泽地带。是在高原淡水湿地生活的鹤类，是世界上唯一生长、繁殖在高原的鹤。